На протяжении истории молодежи менялись ее руководители. Каждый оставил свой след в ее сердцах и в истории церкви. Петр Ильин, Игорь Соловьев, Александр Калмаков, Анатолий Бажин, Сергей Николаев, Ильин Александр, Петр Зубко, Роман Наумов, Вадим Парахневич. 

К первой молодежи относились Петр и Миля Ильины, Караман Вера, Игорь Долголев, Таня Николаева, Тамара Гавриленко, Ира Кульменева, Женя Сухушина и другие. Молодежь участвовала во всех служениях. Это был и хор (руководитель Петр Ильин), и молитвенная группа, и миссия. На первую молодежную конференцию в Новосибирске в 1990 году приехало 5 человек молодежи, они пели общим пением. 

С каждым годом молодежь прибавлялась. В 1991 году много молодежи пришло от баптистов, сразу же пополнился новыми тружениками хор. По мере пробуждения, уже в 1992 году на молодежном служении присутствовало более 100 человек. Молодежные служения отличались особой близостью, теснотой общения. Молились за всех желающих, молитвы были горячие, пламенные, с пророчествами и откровениями от Господа. После каждого общего служения молодежь продолжала общение в молитве в старом домике. Здесь рождались и проявлялись новые дарования. Молиться любили! Была большая жажда насыщаться Господом. Молодежным руководителем в те времена был Анатолий Бажин. Он постоянно организовывал молодежь на разные труды. Ходили везде вместе и новообращенные, и ранее уверовавшие. Никто не оставался незамеченным. Посещали колонии, тюрьмы, больницы, детские дома, общежития учебных заведений, устраивали евангелизации по деревням и т.д. 

С начала пробуждения до сего года молодежь переживала разные катаклизмы, но по молитве церкви Господь рукой своей хранил и умножал. На конференцию в Новосибирск в 1999 году молодежь из Томска едва вместили в два "икаруса". Пел хор в количестве 40 человек, музыкальная группа "Источник Жизни". Когда на сцене в Новосибирске проходило выступление представителей Томской молодежи, епископ Петр Ильин сидел в зале со слезами на глазах. Наверное, он вспоминал, как 10 лет назад на этой сцене общим пением пели ПЯТЬ сестер. 

В 2001 году в молодежи началось новое пробуждение. Не столько обращаются из мира, сколько Бог пробуждает сердца детей верующих родителей. Снова зазвучали пламенные молитвы, раскаяние и сердечная слава Господу. 

В августе 2001 года ежегодная молодежная конференция впервые состоялась в Томске. На ней присутствовало более 600 человек. Все переживали великое Божье благословение.